Когда 18 мая 1654 года Алексей Михайлович отправился со своим полком на русско-польскую войну, почти все высшие чины думы и двора присоединились к 25-летнему царю в его первом походе. Но тогда они еще не знали, что смерть ждала не их, а тех, кто остался в Москве — в городе начинала распространяться эпидемия.
Появившись из ниоткуда, чума пронеслась по Москве – в конце июня в доме боярина Василия Шереметева, уехавшего вместе с царем, умерло более 30 человек. Была паника, люди бежали из города. Никто не знал, какие конкретные меры предпринять, и никто никогда не слышал о карантине. Царь был в ужасе. Воспитанный в атмосфере религиозного благочестия, он рассматривал чуму как «божье посещение» и наказание за какие-то неизвестные грехи.
В июле эпидемия была уже в самом разгаре – те, кто бежал из Москвы, распространили ее по всей центральной России. Царь приказал царице Марии вместе с новорожденным царевичем Алексеем и сестрами царя покинуть Кремль и отправиться в Троице-Сергиеву лавру. Они взяли с собой святые иконы Казанской Божьей Матери и преподобного Сергия – как и все остальные, царская семья верила, что священные предметы защитят их от чумы.
Но уже в конце августа, когда люди в Москве начали умирать улица за улицей, иконы пришлось вернуть в город - многие верили, что эпидемия прекратится, как только иконы вернутся. Сам царь, как образованный человек, понимал необходимость ограничить распространение эпидемии. Стражникам у платных пунктов пропуска на дорогах было приказано отправлять всех, кто находится в пути, туда, откуда они приехали, а также ловить и казнить тех, кто пытался обойти заставы.
Царя больше всего беспокоили деньги, которыми платили солдатам – от них каждый мог заразиться чумой. Алексей Михайлович приказал вымыть монеты перед раздачей.
Карантинные меры также соблюдались в отношении царской семьи. 7 сентября, когда царица вместе со своим малолетним ребенком и сестрами царя находилась на реке Нерль, московский боярин Михаил Пронский получил от них послание с приказом прекратить переписку с царской семьей и писать по всем вопросам непосредственно царю.
Когда царская семья переезжала с места на место, дорогу впереди проверяли на наличие жертв чумы. По дороге в Калязинский монастырь выяснилось, что накануне через дорогу перевезли гроб с телом дворянки, умершей от чумы. Было решено засыпать перекресток дровами на 20 метров в каждую сторону, тщательно подпалить почву и затем увезти грунт. Только после этого экипажи с царской семьей продолжили свой путь.
Таким образом, царской семье, патриарху Никону и самому царю удалось уберечься от чумы. В ноябре-декабре эпидемия начала спадать из-за холодной погоды. Но царь вернулся в столицу только в феврале 1655 года после тщательной разведки и задержек. Он был в ужасе от того, что увидел. На Спасской башне Кремля не было колокола, а часы остановились - колокол упал во время пожара, когда его некому было тушить.
Спешившись, царь вошел в Кремль для беседы с Патриархом. Стрельцы подметали снег перед ним широкими метлами. Царь излучал спокойствие и благодать, как и подобает православному государю. Но всю оставшуюся жизнь Алексей Михайлович опасался чумы и эпидемий. Доказательством этого является его покупка того, что было описано как "рога единорога" - считалось, что порошок, приготовленный из них, может защитить от любого мора.
