Но всё кардинально изменилось после ареста и казни его отца в 1953 году. Серго был помещён в одиночную камеру на год и лишён всех званий, наград и учёных степеней. Комиссия признала его виновным в плагиате, его диссертации были признаны переработкой исследований других учёных и инженеров. В 1954 году его вместе с матерью отправили в «административную ссылку» на Урал, где ему всё же выделили трёхкомнатную квартиру и разрешили работать над своими ракетами. Сын и мать также сменили фамилию на Гегечкори.
