На территории региона насчитывается 13 тысяч озер, самое крупное из которых — Кульдинское (728 sq.km). Крупнейшие реки региона – Бия и Катунь – сливаются в одну и образуют одну из главных сибирских рек Обь. Эти реки удовлетворят самого требовательного любителя рафтинга и экстремального туризма. Каскад Караколских озер в Чемальском районе является уникальным природным заповедником. Вода в каждом из семи озер каскада отличается по цвету и химическому составу.
