После окончания карьеры Нелли Ким тренировала национальные сборные Кореи, Италии и Беларуси, стала международным арбитром и судила крупнейшие соревнования — Олимпийские игры, чемпионаты мира и Европы. В октябре 2004 года её избрали президентом женского технического комитета Международной федерации гимнастики. В 2016 году Нелли Ким избрали вице-президентом FIG, но в 2024 году не переизбрали на этот пост.
